Le SIAAP traite chaque jour plus de 2,5 millions de m3 d’eaux usées dans ses 5 usines de dépollution : Seine aval (78), Seine amont (94), Marne aval (93), Seine centre (92) et Seine Grésillons (78). En 2012, une 6e usine, Seine Morée (93), renforcera les capacités de traitement du SIAAP.

Eaux domestiques : 85 % des volumes
Les eaux usées domestiques (cuisine, salle de bains et toilettes) contiennent 3 éléments qui font baisser la teneur du fleuve en oxygène et déséquilibrent la biodiversité :

Les eaux usées industrielles contiennent, selon les secteurs :
Les conditions d’acceptabilité des eaux industrielles dans le réseau et les usines d’épuration sont définies par des arrêtés issus de la concertation entre les communes, les départements et le SIAAP. Les établissements industriels à l’origine des rejets les plus importants sont incités à assurer le prétraitement de leurs eaux usées. Enfin, le traitement des eaux industrielles fait l’objet d’une redevance spécifique qui tient compte de leur volume et de leur degré de pollution.

En ruisselant sur les toits et les chaussées, les eaux pluviales se chargent de zinc, d’huiles de vidange, de carburants, de métaux lourds et de déjections animales, nécessitant de ce fait un traitement spécifique.